科学的制度是管理工作的法宝。我们以建立健全一套科学管理的制度体系和良性循环的运行机制为根本，致力于为建设高水平国家重点实验室构建一个科学与规范的制度环境。围绕着科学民主决策、开放实验研究、学校交流活动、创新人才培养、日常运行管理、平台资源共享等方面做了大量工作。在修订完善了已有的规章制度的同时，根据科技部和上级主管部门指示精神，结合实验室的实际制定了一系列规章制度。包括：
1. 实验室工作条例
2. 学术委员会工作条例
3. 室务委员会工作条例
4. 实验室人员职责
5. 实验室管理制度
6. 实验室印章管理规定
7. 实验室文书档案管理办法
8. 机房管理制度
9. 实验室图书资料管理办法
10. 实验室知识产权保护条例
11. 软件资源共享管理办法
12. 实验室开放日活动管理办法
13. 实验室学术活动管理办法
14. 仪器设备管理制度
15. 外来使用设备人员管理制度
16. 会议资助制度
17. 实验室研究生科研成果奖励制度
18. 附录：实验室论文版面费报账流程
19. 海外访问学者管理制度
20. 国内访问学者及其研究生管理制度
21. 博士后与研究生管理制度
22. 自主研究课题管理条例
23. 开放基金管理条例
24. 国家重点实验室建设与运行管理办法
25. 国家重点实验室专项经费管理办法
26. 国家重点实验室评估规则
通过实践运行表明，实验室的工作有章有循、有法可依，各种制度行之有效。大大促进了科学规范的管理，保证了实验室工作正常有序高效运行，为今后提升管理水平以及实验室的健康持续发展奠定
