自主研究课题以科技部（国科基函［2008］9号）文件和本实验室发展目标为依据，以国家重大需求和学科发展前沿为牵引，围绕汽车造型与评价、车辆结构与优化、车身制造与装备、车辆安全与人体损伤、汽车新材料应用等研究方向，主要开展汽车车身先进设计制造技术领域的应用基础问题研究，突出基础理论和技术创新。通过自主研究课题，鼓励新思想、新方法及交叉学科的发展，激励原始创新，使实验室整体学术水平得到大幅度提升，并取得一批重大基础理论和技术创新研究成果。
自主研究课题按重点、自由探索和人才培育三种项目进行部署。2008-2013年，实验室共安排重点课题17项，自由探索课题22项，人才培育项目18项，以上共计批准57项自主课题，分2至4年按成果拨款。
